原因是：第一是断绝过去，晓组织成员加入之前，都是某一国的忍者，他们要遵守忍者的规则，所以很多事不能做。背叛村子以后，他们不再受到规则约束，可以做任何想做的事，就像穿上晓组织的工装，给指甲涂上颜色，和过去的一切彻底断绝。
第二是掩盖真相，佩恩是长门用轮回眼控制的六具尸体，既然是尸体，身体表面就会出现一些痕迹，虽然他们有特殊秘法能处理一些部分，可指甲盖下的淤血是无法处理的。为了避免敌人探查到这一真相，就用指甲油掩盖，渐渐地涂指甲就成了晓组织的标配。
不都是黑色的，小南蓝色，佩恩红色，鼬与鬼鲛是紫色的，飞段与蝎都是青绿色的，角都与迪达拉是黑色的，指甲油应该是晓组织的一个标志，就和戒指和衣服一样。
