“荒木谋叛”一报在天正六年（一五七八）十月二十一日送到安土城的信长身边。《信长公记》记载说，荒木摄津守无由突起逆心，各方面都已上言报告。信长在二十五日送信给细川藤孝幽斋让他当面处置，幽斋的处置是派遣诘问使去有冈确认事实。细川家《绵考辑录》记载细川家重臣的话说：“松井康之报上（荒木村重）谋叛的情报，和信长直接谈了话。”据此而言，上述的“各方面”包括细川藤孝遣松井康之前往安土所作的报告，二十五日回复的书状是信长给藤孝的回信。回想藤孝将荒木村重引荐给信长的情景，真是成也萧何，败也萧何了。
下克上的举动，在信长强大的军事力量前是极大的冒险。与秀吉、光秀并为织田家部将的武将荒木村重，何以会在胜算不大的情况下谋反，笼城死战？ （《阴德太平记》）
村重受命前往三木城时，包围石山的任务委托给了中川濑兵卫。濑兵卫的部下向石山城内、境内卖出兵粮，事情发觉，村重害怕信长追究而谋叛。
这是最为明确的解释。
两年后，毛利水军与织田水军交战的直接目的就是从木津川河口（大阪湾）运入兵粮，称为第二次木津川海战。当时石山城内确实急需兵粮，但已经是荒木谋反两年之后的事了。这两年中，城内的粮食仍然支撑了下去。毛利水军的兵粮运输没有成功，又是谁向城内供给粮食？供给的来源是一向宗门徒。这些人担着粮食、抱着调味樽，悄悄爬入城内。因此，织田军始终无法断绝本愿寺的军粮。石山包围战的总指挥、老臣佐久间信盛，石山开城后以攻城迟缓的罪名被追放，这就是理由之一。
村重谋叛九个月前，曾为了和谈入城面会本愿寺显如，传说他见到城内饿殍遍地的样子，因同情而拿出稻米百石赠送本愿寺，引得信长生疑。守城方大部分都是农民，和村重率领的摄津兵一样是摄津领内的百姓，往往有父子兄弟分处双方阵营。在这种情形下，就算村重等大将是基督徒，摄津军也不可能严防向城中运粮的一向宗门徒众——信长因此追究荒木村重的责任，直接催发村重谋反，这个理由勉强说得通。 （《当代记》）
大意是说，信长宠爱的小姓长谷川站在二阶上当着村重小便，村重十分愤怒。这个长谷川可能指的是后来被秀吉赐姓羽柴的尾张人长谷川藤五郎秀一。侧近借主公之威侮辱家臣，这个家臣就要谋叛，那也太夸张了。实际上，在很多人身上都有相似的传说，如明智光秀和森兰丸。信长的小姓狐假虎威，侮辱部将地位的家臣，这种传说，其实是把信长描绘为容易受欺的暗主。 （佛洛伊斯《日本史》）
概要为：信长不断命令荒木军出阵，荒木军却没有得到土地或别的好处。荒木家臣团严重厌战，期望平稳地生活，终于使村重对信长离心，与石山本愿寺、毛利家结下同盟，以致谋叛。
传教士路易斯·佛洛伊斯记述，村重有谋反意图后，全体家臣几乎一致赞成，但虔诚的教徒、村重重臣高山右近（洗礼名ジュスト）以不能背叛主公为由强烈反对。最后，因为家臣、寄骑大部分坚决赞成谋反，村重作出谋反决定。
个人感觉，右近这种说法可以称得上虚伪，数年前，他自己分明还追放过若主和田惟长……原来追放主公不是背叛…… 民间流传的说法。信长想得到村重秘藏的茶器，因此两人关系恶化。不过，这两人对茶具的爱好未必能达到松永弹正的程度，更重要的是此事未见于相关记载。
总之，这些假说都有这样那样的缺陷。荒木村重为何谋反，几乎还是个谜。个人以为，村重与光秀的谋反颇有共同之处，其根源是信长对待臣属的态度，以及村重下克上起家的一贯经历。凭据坚固的有冈城，村重可以笼城一年甚至更长时间，如果不是信长迅速通过交涉让高槻、茨木两城投降，或者毛利家能够组织援军反攻，胜负将不会如此了无悬念。荒木村重也许是这么想的，然而事情却没有这样发展下去。
