一、职称不同
1、主任医师：职称为正高级别。
2、副主任医师：职称为副高级级别。
二、晋升条件不同
1、主任医师：副主任医师满5年，有晋升主任医师的资格。
2、副主任医师：注册成为医师满4年，可以考主治，获得职称满5年，有晋升副主任医师的资格，一般是评，要论文、课题等等。
三、责任不同。
下级医生有疑问，可请示上级医师，重长手术多由职称高的副主任医师、主任医师主刀，级别低的医师做助手。卫生行政部门规定，住院医师、主治医师、副主任医师和主任医师能分别从事不同难度的手术，不能越级为病人做手术治疗。
在医院里，正主任和副主任最大的区别就是权利大小的区别。正主任就是单位或则部门里的一把手，也就是单位的老大，在这个部门或则单位正主任负责整个单位的事，凡事正主任说了算。一个单位或则部门正主任只有一个，副主任有好几个。正主任负责整个全局，副主任负责局部的具体事务，凡事要对正主任负责。
医院正主任和副主任还是有一定区别的，正主任是科室的最大领导，德高望重，一个科室只有一个正主任，医学技术方面也是数一数二，管理着科室的医生队伍。对于科室的事情有着决定的作用。副主任是辅助正主任的。也属于科室的二把手，副主任可以有一名或者二名。
医院正主任是科室主持工作的第一负责人，副主任是协助主任主持科室工作的助手。
正主任管科室全面，付主任管科室业务。
