樱色轮回讲的是姐姐樱抓药归来，忙碌的生活使她忘记今天是自己的生日。 她熟练地拿起身边的故事书开始讲故事想要哄妹妹入睡。 但是妹妹凛打断了她，告诉她今天是她的生日。 然后拿出了准备多时的礼物为姐姐画的画。
自由自在的大鸟和不能离开樱花树的小花妖，暗示着樱和凛的命运。 自小体弱多病的凛无法离开村子远行，樱为了照顾她也放弃了远行的自由。 樱心甘情愿地为妹妹付出着。 这些妹妹都看在眼里，她希望姐姐能够永远陪在她身边，但也希望姐姐能够自由自在的。
最后在凛轻柔的故事声中，樱睡着了，十分安心的睡着。 原来看着对方的睡脸，感觉会是这么幸福…… 这段故事主要发生在500年前远东的八重村。 这时的樱还只是一个普通的少女。 妹妹凛也还好好地活着。 熟悉八重樱的舰长可能知道，在背景故事中，偏远的八重村还存在着人祭的陋习，一次久旱中为了祈雨，八重神主选中体弱多病的凛作为当年的祭品，姐姐八重樱不认可这样的命运，想要帮助妹妹逃走。
然而早已料到此事的神主提前举行祭祀，并挑断凛的脚筋，使得樱的行动失败。 祭祀现场，凛安慰着樱，她希望樱一定要成为一位优秀的巫女。 神主为不错过吉时，抓住樱握刀的手杀死了凛。 祭祀结束后，天上下起了雨，村民在雨中兴奋大呼，只有樱流着泪，跪在凛的尸身旁。 所以，当各位舰长了解了背景之后，应该能够明白凛对樱意味着什么。
