首先排在第一位的是锦衣卫，洪武十五年，朱元璋设置锦衣卫。这是个明朝的间谍组织，类似于当代的克格勃、中情局一类的机构，其服务对象是皇帝，其主要职责有两块一是宫廷禁卫、大朝仪仗等。二是负责监视大臣缉捕廷杖犯罪臣工，因此它设立了一座大狱即镇抚司狱，这个镇抚司狱也称诏狱，在用刑方面这个镇抚司狱甚是残酷。
第二位的就是东厂了，东厂是由燕王朱棣建立。最开始的时候，东厂和锦衣卫有着明确的分区，东区负责侦缉、抓人，而锦衣卫负责审讯犯人，两个机构分工明确，井水不犯河水。然而，随着时间的推移，到了后来东厂便拥有了自己的监狱，并拥有了听审权。
排在第三位的就是刑部大牢了，孙承泽上述两书记载，“刑部在皇城之西，与都察院、大理寺并列而为三法司。”这一描述仍不够具体，上文记五军都督府也是在“皇城之西”。但两者“皇城之西”实际上有所不同，五军都督府的“皇城之西”是指皇城南侧偏西，而三法司的“皇城之西”是指皇城西侧。刑部这个机构主要是对一些普通老百姓来的，在京城里盗匪奸杀案则由刑部负责，不过刑部大牢也是不好过的，惩罚罪犯的手段也是及其的残忍与冷酷。
锦衣卫是明朝的军政搜集情报机构，前身为明太祖朱元璋设立的“拱卫司”，后改称“亲军都尉府”，统辖仪鸾司，掌管皇帝仪仗和侍卫。洪武十五年（1382年），裁撤亲军都尉府与仪鸾司，改置锦衣卫。
作为皇帝侍卫的军事机构，锦衣卫主要职能为“掌直驾侍卫、巡查缉捕”，从事侦察、逮捕、审问等活动。也有参与收集军情、策反敌将的工作，如在万历朝鲜战争中收集了大量的日军军情。其首领称为锦衣卫指挥使，一般由皇帝的亲信武将担任，直接向皇帝负责。可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并进行不公开的审讯。
有明一代，锦衣卫一直存在，延续至1661年南明永历帝的锦衣卫指挥使马吉翔与掌卫事任子信于咒水之难被杀，才可说是正式结束长达290年的历史。清朝入关以后，仿效明朝制度，仍然设立锦衣卫。顺治二年（1645年），改称銮仪卫。清朝的锦衣卫仅存在一年。由于明朝的影响力，越南后黎朝、阮朝也仿明制设有锦衣卫。
