新剧情开启回顾了一下以往剧情和后崩坏书还有外传。
主线
游戏剧情开始于芽衣成为律者并被琪亚娜（K423）感化压制律者力量之后。
御三家出任务并带回月光王座，之后出任务去抓风律温蒂，御三家要带温蒂回学院时，逆熵可可利亚出来捣乱“截胡”并带走了温蒂和芽衣。德丽莎带队去逆熵救援，在以布洛妮娅烧毁脑内生物芯片为代价的情况下救出众人。为治疗布洛妮娅德丽莎去地下数据库找资料，琪亚娜（K423)尾随而至并触发奥托预留的陷阱，经历了巴比伦实验室时与西林的战斗。然后丽塔出现，在符华的帮助下丽塔成功带走琪亚娜（K423）。德丽莎与逆熵联合去救援被抓走的琪亚娜（K423）。琪亚娜（K423）被奥托融合空之律者核心，西林意识觉醒唤来贝纳勒斯救主，被符华使用太虚之握和月轮战甲暂时击退。西林将芽衣体内的雷之律者核心分离取出带走。符华回到天命发现奥托真正的目的后要去除掉空律结果被奥托暗算目前生死不明。姬子来到地下见到众多第四代女武神装甲，在符华羽渡尘的帮助下穿上带有炎之律者核心的真红骑士月食出战，并将抑制崩坏用的血清注入琪亚娜（K423）体内，压制了崩坏能唤回了琪亚娜（K423）的主意识，姬子陷入昏迷休克坠入虚数空间目前生死下落不明，琪亚娜逃离。德丽莎继续追查琪亚娜（K423）下落，然后接到可可利亚的求救联络，德丽莎芽衣继续追踪琪亚娜（K423），布洛妮娅跟随爱因斯坦和特斯拉去救援可可利亚，来到量子之海，见到了阿林姐妹，布洛妮娅进入量子之海融合理之律者核心代掌理之律者权能，救出希儿，在被第三势力世界蛇算计下，释放出被困量子之海世界泡深处的凯文，自此第三方势力世界蛇正式登场。
芽衣和天命追逐琪亚娜（K423）来到天穹市发现世界蛇在这里进行「圣痕计划」，琪亚娜（K423）在符华使用羽渡尘压制西林意识的时候解放空之律者力量与丽塔联手破坏了「圣痕计划」的实施，事后被感到的女武神幽兰戴尔带走至沙漠实验基地，凯文率领世界蛇攻打至天命实验基地，琪亚娜（K423）在符华羽渡尘扰乱凯文的情况下趁乱逃走，凯文见到老战友发现战友现状准备一切事情完成后重新唤醒符华，凯文与奥托达成交易撤退。琪亚娜（K423）逃至长空市，芽衣、凯文紧追而至。琪亚娜（K423）体内崩坏能暴走，全世界崩坏能大量增长。芽衣与凯文达成交易。芽衣重新凝聚被西林夺去的雷之律者核心。减少了琪亚娜（K423）体内崩坏能暴走，延缓了琪亚娜（K423）的崩坏能暴走，琪亚娜（K423）与律者化芽衣一战并暂时分道扬镳。芽衣随凯文到了世界蛇，之后冰律诞生芽衣接到任务前往抓捕冰律，天命幽兰黛尔接到命令前往保护民众。芽衣赶到后与世界蛇在场干部夜枭（陈天武）会和准备抓捕冰之律者，赶到后发现冰律正在卵化。芽衣打断卵化与冰律交战，交战后被夜枭（陈天武）暗算，夜枭（陈天武）与冰律安娜是旧识，夜枭（陈天武）救走安娜路上冰封丽塔，芽衣追击拦截到冰律后将冰律制服之时，夜枭（陈天武）由于极大的负面情绪激化崩坏能在通过崩坏能激化后看见了安娜刚成为女武神第一次上战场，安娜因为看见战友队长倒下害怕逃离战场，在逃跑中见到了夜枭（陈天武）和他的妹妹陈天文，安娜极其惊恐的看着废墟中的二人，此时陈天武昏迷陈天文不知是正在转化为死侍还是肉眼可见的彻底死亡，安娜没有及时救援而逃走，后陈天武被救出后安娜去安慰陈天武在得知陈天文身份后内心极度愧疚，夜枭（陈天武）以安娜的温柔为支持努力活了下来认定安娜为自己的救命恩人，在得知真相后负面情绪爆发彻底激化崩坏能变为岩之律者（未卵化），但终因崩坏能无法侵蚀机器而导致无法修复身体死亡，临死前将凝聚的岩之律者核心交予安娜冰律以报答救命之恩。
崩坏三剧情
延续了《崩坏学园2》的主线剧情，讲述了在不远的未来，神秘的灾害“崩坏”侵蚀了世界，被崩坏感染的人类，变成了没有思维，只懂破坏的“死士”，它们和从崩坏中诞生的巨大怪物“崩坏兽”，一同对这个世界造成了巨大的威胁。
唯一可以抵抗崩坏的，只有一些拥有“崩坏抗体”的少女，只有由她们组成的“女武神”部队。勇敢的少女们穿上冰冷的机甲，拿起沉重的武器，与崩坏战斗着。为世界上所有的美好而战，在被崩坏侵蚀的世界中，由勇敢的少女组成的女武神部队，为守护世界而展开了战斗。玩家可扮演炽翎、白夜执事、第六夜想曲、月下初拥、极地战刃、空之律者、原罪猎人等女武神，去保护这个世界
