游戏的主要内容，除了能体验《崩坏3》的精(bai)彩(he)剧情外，在主线关卡中还能刷出绝大多数的基础武器、圣痕、素材以及女武神碎片，是舰长在游戏前期(LV.1~LV.20)快速增强自身实力的地方。主线剧情关卡分为普通、困难及噩梦三种模式，其中困难模式在完成普通难度的2-5关卡后解锁，而难度更为夸张的噩梦模式则在完成困难模式2-20后开启。虽然难度越高的模式消耗的体力也越多，但同时舰长可以获得的收益也远高于普通难度，例如更多的女武神经验值，以及一些只有在高难度模式中才能产出的特殊掉落物，特别是女武神用来晋升的碎片只有在困难模式的关卡中才能刷出。除了三个模式外，每章主线剧情关卡中还包含了五个隐藏的EX关卡，EX关卡的开启条件和舰长在本章中获得的勋章数量有关。和主线剧情关卡相比EX关卡的难度更高，除了出场敌人会获得一些BUFF强化外，还会出现各式各样的通关限制，十分考验玩家的操作技术和大局观。不过每章的第一个EX关卡都会奖励一些对今后推图非常有帮助的装备，还是推荐舰长尽可能完成这些关卡。
