火影忍者卡牌中比较稀有的有：
SLR（Super Rare，简称SLR）：是一种特有的稀有卡牌，一般是火影系列卡牌的特有卡种，分为浅色版和深色版两种，每一种都有12个人物和对应的24张卡牌。这种卡牌的出卡率很低，极具收藏价值，市场价格通常单张在35元左右。
艾（四代雷影）：其技能是全霸体，大招虽然被削弱了不能全部抓取，但还是很强。
千手扉间：一套连招强无敌，虽然刚出的时候是铁头娃，但现在是高端局ban位常客。
千手柱间：分身抓取，格挡技能，大招都很炫酷。
此外，还有宇智波斑、神秘面具男、长门（秽土转生）、波风水门、宇智波鼬（须佐能乎）、佩恩（天道）、大蛇丸、自来也等角色在火影忍者卡牌游戏中也是比较稀有的角色。
但是请注意，稀有度和价值因个人喜好和市场变化而异，所以建议在购买或收藏时根据自己的兴趣和经济能力进行选择。
旗木卡卡西，纲手，猿飞日斩，仙人自来也，大野木
